A situação vai-se agravando até tornar-se insustentável. Peri tenta uma solução desesperada: quebra suas armas e luta sozinho contra os aimorés, rendendo-se após decepar a mão do velho cacique, a fim de ser considerado herói e ter seu corpo devorado pelos inimigos. Aí, envenena-se para envenená-los também e, assim, salvar a casa de D. Antônio.

No entanto, à espera do sacrifício, Peri é salvo por D. Álvaro de Sá e, face ao desespero de Ceci por sua causa, sai à procura de antídoto contra o veneno que tomara e, quando volta, traz o corpo de Álvaro, morto em  combate com os aimorés.

Sabedora de que ele já correspondia ao seu amor, Isabel, inconformada, busca a própria morte, incendiando o aposento em que ambos se encontravam:

“Louca, perdida, alucinada, ela ergueu-se, seu seio dilatou-se, e sua boca, entreabrindo-se, colou-se aos lábios frios e gelados de seu amante; era o seu primeiro e último beijo; o seu beijo de noiva.

Foi uma agonia lenta, um pesadelo horrível em que a dor lutava com o gozo, em que as sensações tinham um requinte de prazer e de sofrimento ao mesmo tempo; em que a morte, torturando o corpo, vertia na alma eflúvios celestes.

 [...]

Isabel não tinha mais forças para resistir  e realizar o seu heróico sacrifício; deixou cair a cabeça desfalecida, e seus lábios se uniram outra vez num longo beijo, em que essas duas almas irmãs, confundindo-se numa só, voaram ao céu, e foram abrigar-se no seio do Criador.

As nuvens de fumaça e de perfume se condensavam cada vez mais e envolviam como um lençol aquele grupo original , impossível de descrever.”

Enquanto isso, D. Antônio tenta defender-se a si e à sua casa e família, ao lado do fiel escudeiro Aires Gomes e mantendo uma quantidade de pólvora para usar em último caso. Sentindo-se seguro, Loredano parte para a ação, a fim de matar D. Antônio e raptar Ceci, mas é preso e condenado a morrer queimado.

O cerco dos aimorés é cada vez maior, e D. Antônio pede a Peri que se torne cristão, pois essa era a única maneira de ele permitir a fuga do índio com Ceci, única solução para salvar os dois. Peri concorda e carrega Ceci, entorpecida por uma bebida que o pai lhe dera. Numa frágil canoa eles descem o rio e ouvem a explosão da casa, provocada por D. Antônio.

Sozinha no mundo, Ceci se recusa a ir para o Rio de Janeiro procurar seu irmão ou sua tia, conforme o pai pedira a Peri. Prefere ficar com o índio que, numa luta desumana, arranca uma palmeira do solo, improvisando uma canoa, para fazer face às águas que sobem cada vez mais. O final é aberto, com a sugestão da união amorosa entre as duas raças que, na visão alencariana, constituiriam o esteio da raça brasileira:

“O hálito ardente de Peri bafejou-lhe a face.

Fez-se no semblante da virgem um ninho de castos rubores e lânguidos sorrisos: os lábios abriram como as asas purpúreas de um beijo soltando o vôo.

A palmeira arrastada pela torrente impetuosa fugia...

E sumiu-se no horizonte.”