A necessidade de organização de bases de apoio no ultramar, para a proteção do tráfico e da soberania da realeza lusitana, precipitaria a expedição cabralina.

No verão de 1499, após o retorno de Vasco da Gama, D.Manuel achou necessário enviar à Índia uma nova armada. Por carta régia datada de 15 de fevereiro de 1500, Pedro Álvares Cabral foi nomeado comandante supremo da expedição. É curioso observar que na Chancelaria de D.Manuel, no Arquivo da Torre do Tombo, acha-se o registro desse documento de nomeação, onde se lê: Pedro Álvares de Gouveia. Gouveia era o sobrenome de sua mãe. Pedro Álvares, fidalgo nascido em Belmonte no ano de 1467, descendia de Fernão Cabral. Era o segundo filho, cabendo, como costume na época, o sobrenome do pai ao primogênito, João Fernandes Cabral.

A frota cabralina, de treze navios, levava  1200 homens, gente escolhida e bem armada, oito frades franciscanos, guardados por frei Henrique Coimbra, oito capelães e um vigário, todos missionários.

No primeiro domingo da Quaresma, a 08 de março de 1500, D.Manuel, com toda a Corte, dirigiu-se à praia do Restelo, onde já se encontrava a armada, para juntos ouvirem a missa do grandioso mosteiro dos Jerônimos. Após a cerimônia religiosa, seu oficiante, D. Ortiz, bispo de Ceuta, benzeu o chapéu de Cabral e a bandeira da Ordem de Cristo, que tremulara no altar durante todo o culto . Terminada a bênção, o sacerdote entregou os dois objetos ao rei. D. Manuel colocou, então o chapéu benzido na cabeça do capitão-mor, passando-lhe a bandeira de pano branco com a cruz vermelha  no centro. Depois, seguiram em procissão até o embarcadouro, onde Cabral e seus subordinados se despediram do monarca, beijando-lhe a mão.