Em  resposta, Isabel e Fernando ampliaram a polêmica, buscando em seu favor a sanção do Papado, para assegurar a posse das águas e terras descobertas por Colombo.

Tranqüilizando a monarquia espanhola, o papa Alexandre VI expediu uma bula, a 04 de maio de maio de 1493, atribuindo a Castela o domínio exclusivo de todas as ilhas e terras firmes, já descobertas ou por descobrir, situadas ao ocidente de uma linha meridiana traçada de pólo a pólo, que passasse cem léguas a oeste dos Açores e Cabo Verde (bula Inter Coetera).

Apesar dessa demarcação, efetuada com base nas concepções empíricas de Colombo, garantir a hegemonia lusa na área do Atlântico africano, semelhante disposição contrariava os interesses de Portugal. Por essa razão, D. João II recusou-se a aceitá-la. Os “Reis Católicos”,  receosos de uma guerra peninsular, entraram em negociações com a coroa portuguesa. O “Príncipe Perfeito”, em resposta a um convite espanhol, mandou para Madri, como embaixadores, o doutor Pedro Dias e Rui de Pina. Os desentendimentos entre as duas monarquias rivais prolongaram-se por bastante tempo.

Os emissários lusos, dispensando a Santa Sé como mediadora, propuseram a divisão do ultramar por meio de um paralelo traçado ao sul das Canárias, ficando para Portugal as terras descobertas  situadas na parte austral, e, para Castela, as da porção setentrional. A contra proposta do monarca português não agradou a Fernando e Isabel. A política lusitana mostrava mais uma vez a sagacidade de seus estadistas. Diante da iminência de uma sangrenta luta armada na Península Ibérica, os “Reis Católicos” encontraram-se num dilema crucial: defender as posições intransigentemente ou entrar no terreno das concessões. Preferiram esta última solução.

Após o recuo da diplomacia castelhana, o soberano de Portugal enviou à Espanha diversos embaixadores encabeçados por Rui de Souza. Depois de cansativas e morosas deliberações, as duas coroas chegaram a um acordo, ultimando-se em Tordesilhas, a 07 de junho de  1494, o tratado entre Fernando e Isabel, reis de Castela, e João II sobre a parte que passaria a pertencer a cada nação, das terras que se descobrissem no ultramar. Conforme a cláusula fundamental do documento, as duas monarquias estabeleciam uma linha de demarcação - o meridiano traçado a 370 léguas a oeste de Cabo Verde - dividindo o Atlântico em duas zonas de influência: as terras descobertas ou ainda por descobrir no hemisfério oriental ficariam sob domínio da coroa portuguesa; as do hemisfério ocidental caberiam à Espanha.

Essa linha de demarcação cortava o litoral brasileiro de Belém do Pará a Laguna, em Santa Catarina, dando a Portugal o controle de quase todo o Atlântico Sul. Na verdade, chega a surpreender a precisão  do traçado do meridiano a 370 léguas a oeste do arquipélago de Cabo Verde.