Enquanto Napoleão está no Egito, na Europa o Diretório continua com sua política de anexação territorial em plena paz e intensifica a propaganda revolucionária. Esses fatos provocaram a formação da Segunda Coligação contra a França (1799), da qual participaram a Inglaterra, o rei de Nápoles, a Turquia e a Rússia. As primeiras operações militares são desfavoráveis à França e os exércitos franceses são obrigados a abandonar as regiões anteriormente conquistadas e anexadas. Logo se tornou evidente aos franceses que as conquistas de anos anteriores iriam reduzir-se a nada.

Além disso, o Diretório vinha sofrendo uma perda muito grande de prestígio, em virtude da sua conduta nos negócios interiores: convocou mais elementos para o Exército, lançou novos tributos e ainda outras medidas antipopulares, que o desacreditaram e provocaram o ódio das facções políticas.

Napoleão, que acabara de chegar do Egito (17/10/1799), aproveitando-se do descontentamento, pensa em tornar-se senhor da situação, preparando para isso um golpe de Estado de comum acordo com três membros do Poder Executivo (Sieyés, Barras e Ducos), alguns ministros, chefes do Exército e membros do Conselho.

O prestígio de Napoleão torna-se maior com sua vitória frente à Segunda Coligação. A burguesia francesa aspirava a um regime estável e se apoiara totalmente no Exército, transformando-o na grande força estabilizadora do regime. Assim, aceitaram o golpe de Napoleão como um movimento efetivo e necessário.

A 09 de novembro de 1799 (18 Brumário), encerrou-se na França a Era da Revolução. O acontecimento que assinalou esse fim foi o golpe de Estado de Napoleão Bonaparte. Nessa data, inaugurou-se o período de estabilidade governamental mais longo que a França conheceu nos tempos contemporâneos.

O período de Napoleão que, politicamente, pode ser dividido em duas grandes fases (Consulado e Império), pode ser considerado como uma verdadeira reação do século XIX às idéias liberais que tinham tornado possível  a Revolução. Apesar de Napoleão afirmar sua simpatia por alguns desses ideais, a forma de governo que se estabeleceu era muito pouco compatível com qualquer um deles. Seu verdadeiro objetivo, no que se refere à Revolução, era manter as conquistas que se coadunassem com a glória nacional e com as suas próprias ambições de glória militar, ou seja, alimentou e fortaleceu o patriotismo revolucionário e levou avante as realizações de seus predecessores, que se podiam adaptar aos objetivos de um governo centralizado.